Focus. La protéomique

La protéomique permet de cribler et d’identifier un ensemble de protéines d’un échantillon (cellule, tissus, etc.) appelé protéome. La technique de SDS-PAGE permet de séparer des polypeptides en fonction de leur masse moléculaire. En utilisant préalablement la technique d’iso-électrofocalisation (IEF), il est possible de réaliser une électrophorèse bidimensionnelle (ou « 2D ») et ainsi de révéler plusieurs centaines de spots.
Cette technique permet de séparer les protéines en fonction de leur pI. Dans un tube est coulé un gel dont le pH varie le long du tube. Le gradient de pH est réalisé avec des « ampholytes » (polymères) (figure 1). Les protéines, déposées à la surface du gel, sont soumises à un champ électrique et migrent vers le pôle opposé à leur charge nette. Les polypeptides ralentissent au fur et à mesure qu’ils se rapprochent du pH de l’ampholine correspondant à leur pI, puis s’immobilisent à pH = pI (lorsque la charge nette de la protéine est nulle). Il peut y avoir plusieurs protéines « focalisant » au même pH, d’où le recours à la deuxième technique, la PAGE-SDS (électrophorèse sur gel de poly-acrylamide en présence de dodécyl sulfate de sodium).
Le gel est extrait du tube d’IEF et déposé à la surface d’un gel de polyacrylamide contenant du SDS et du β-mercapto-éthanol. La seconde électrophorèse « 2D » sépare en fonction de la masse des polypeptides. Après coloration, le protéogramme est réalisé (figure 2 gauche).
Les spots de protéines sont identifiés par spectrométrie de masse (figure 2, droite)…