Fiche 85. Structure des promoteurs eucaryotes de classe 2

Les gènes de classe 2 sont les gènes qui seront transcrits en ARNm par l’ARN polymérase II (ARN Pol II). Les promoteurs utilisés par l’ARN Pol II présentent d’importantes variations de séquences et ont une conception modulaire. Les modules sont de petits éléments de séquences reconnus par des facteurs de transcription situés en amont du +1 (figure 1). Certains modules sont utilisés de façon constitutive et d’autres sont spécifiques et leur utilisation est régulée. Ces modules apparaissent sous différentes combinaisons dans les promoteurs individuels.
Le promoteur minimal est défini comme la plus petite unité nécessaire et suffisante à l’initiation de la transcription in vitro par l’ARN Pol II et les facteurs généraux de transcription. On distingue actuellement deux types de promoteur minimal : ceux contenant une boîte TATA (souvent entourée de segments riches en GC : boîte BRE), et ceux incluant un élément aval (DPE, Downstream Promoter Element ou MTE, Motif Ten Element). Ces deux promoteurs contiennent également une région initiatrice (Inr) positionnée entre −2 et +6 (figure 2).
Le promoteur minimal est incapable à lui seul d’assurer une transcription efficace du gène qu’il contrôle. L’analyse systématique de l’effet de mutations dans les régions situées en amont du site de démarrage de la transcription a mis en évidence le rôle déterminant de modules, positionnés jusqu’a −200 en amont du site d’initiation et formant le promoteur proximal.Dans cette région, deux éléments principaux sont retrouvés …