La révolution scientifique, entamée au début du XVIIe siècle, a d’abord été une révolution dans la méthode de la science, l’expérimentation et la quantification remplaçant l’autorité des écrits médiévaux et antiques. Dans le domaine des sciences du vivant, c’est au cours de la seconde moitié du XVIIIe siècle que l’« histoire naturelle », à visée essentiellement descriptive, céda la place aux « sciences naturelles », plus ouvertement explicatives et étiologiques, avant que certaines branches de la « biologie » ne deviennent des disciplines expérimentales au cours du siècle suivant. On le constate déjà par la chronologie, l’appropriation de la méthode expérimentale par les sciences de la vie fut un processus long – et toujours en cours – car il fut un processus contrarié.
L’objet de ce chapitre est de rendre compte des obstacles qui ont rendu difficile, dans le giron de la biologie, la mise en œuvre d’une méthodologie calquée sur celle des sciences de la matière. Ceux-ci tiennent tous à la tension qui se fait jour, dans l’histoire des sciences comme aujourd’hui encore, entre les caractéristiques propres de la vie et les exigences d’une science mécaniste. En cela, une partie de la philosophie bergsonienne (Bergson 1907) demeure d’actualité : le vivant ne se laisse pas aisément résoudre dans un cadre interprétatif mécaniste analytique, seul à même de permettre l’usage d’une méthodologie expérimentale et quantitative. S’il n’y a pas antinomie entre la science et la vie, comme le proclamait Bergson, il demeure au minimum des frictions entre l’ontologie du vivant et l’épistémologie des sciences expérimentales…