L’évaluation de la qualité des eaux consiste à évaluer :
l’état chimique par rapport à des valeurs seuils ;
la qualité physico-chimique ;
la qualité biologique ;
la qualité hydromorphologique.
Un outil d’évaluation de la qualité des eaux, le Système d’évaluation de l’état des eaux (SEEE), d’eau a été mis en place en 2000 et révisé en 2006. Il comprend trois volets :
le SEQ-Eau pour « évaluer la qualité physico-chimique de l’eau et son aptitude à satisfaire les fonctions naturelles des milieux aquatiques et des usages de l’eau » ;
le SEQ-Bio pour « estimer l’état des peuplements animaux et végétaux vivant dans des cours d’eau ou ses abords » ;
le SEQ-Physique pour « apprécier le degré d’artificialisation ou de perurbation du lit mineur, des berges, du lit majeur et du régime des eaux ».
Actuellement, le SEQ-eau est le mieux développé. Il s’adapte aux différents milieux aquatiques, cours d’eau, eaux souterraines, plans d’eau, littoral.
Le niveau d’altération d’un site d’eau est quantifié par rapport à des conditions de référence caractéristiques des rivières. L’écart entre la situation observée et la situation théorique à partir de paramètres environnementaux est ainsi évalué.Le système d’évaluation de la qualité des eaux a défini 16 indicateurs ou altérations permettant d’identifier et d’évaluer des pollutions spécifiques. À chaque altération correspondent plusieurs paramètres dont certains sont optionnels et d’autres, de même nature, pouvant ne pas être mesurés simultanément…