Les individus sont des véhicules que les gènes empruntent pour se propager. Cependant, l’individu n’est pas la voiture particulière d’un gène, c’est un autobus qui transporte, le temps d’un voyage, de nombreux gènes ensemble. Les gènes forment donc des associations temporaires, appelées génomes des individus. À chaque épisode de reproduction sexuée, il y a dissociation partielle des génomes individuels (méiose) et réassociation entre parties de génomes différents (fécondation). Ces associations, bien qu’éphémères, modifient le comportement d’un gène particulier face à la sélection naturelle. Dans les situations examinées au chapitre 4, nous avons raisonné comme si les individus ne différaient entre eux que par un gène, objet de la sélection naturelle. Par exemple, on considérait des bactéries ayant un gène de résistance à un antibiotique, et des bactéries qui en étaient dépourvues, sans se préoccuper des autres gènes. Toutefois, ce raccourci ne peut pas représenter fidèlement la réalité biologique. La diversité génétique au sein des populations naturelles est si grande qu’il est très difficile de trouver deux individus qui diffèrent par un seul gène. Loin d’une telle homogénéité, le génome est constitué de nombreux gènes en interaction, voire en conflit. En quoi ce contexte modifie-t-il les voies de l’évolution ?
Les animaux et les plantes possèdent une phase diploïde, souvent prépondérante. Lors de cette phase, chaque locus est représenté par deux gènes, provenant respectivement du père et de la mère…