Une grande partie de l’information en biologie est stockée sous forme de texte dans des fichiers. Pour traiter cette information, vous devez le plus souvent lire ou écrire dans un ou plusieurs fichiers. Python possède pour cela de nombreux outils qui vous simplifient la vie.
Avant de passer à un exemple concret, créez un fichier dans un éditeur de texte que vous enregistrerez dans votre répertoire courant avec le nom zoo.txt et le contenu suivant :
Ensuite, testez le code suivant dans l’interpréteur Python :
Il y a plusieurs commentaires à faire sur cet exemple :
Ligne 1. L’instruction open() ouvre le fichier zoo.txt. Ce fichier est ouvert en lecture seule, comme l’indique le second argument r (pour read) de la fonction open(). Remarquez que le fichier n’est pas encore lu, mais simplement ouvert (un peu comme lorsqu’on ouvre un livre, mais qu’on ne l’a pas encore lu). Le curseur de lecture est prêt à lire le premier caractère du fichier. L’instruction open("zoo.txt", "r") suppose que le fichier zoo.txt est dans le répertoire depuis lequel l’interpréteur Python a été lancé. Si ce n’est pas le cas, il faut préciser le chemin d’accès au fichier. Par exemple, /home/ pierre/zoo.txt pour Linux ou Mac OS X ou C:\Users\pierre\zoo.txt pour Windows.
Ligne 2. Lorsqu’on affiche le contenu de la variable filin, on se rend compte que Python la considère comme un objet de type fichier ouvert (ligne 3).
Ligne 4. Nous utilisons à nouveau la syntaxe objet.méthode(…