Pour étudier un bug biologique, on le reprogramme pour déterminer comment il fonctionne. On peut aussi l’optimiser d’une certaine manière pour le rendre plus utile. C’est un mode de pensée très orienté par l’informatique.Fondamentalement, un virus n’est qu’une séquence d’ADN ou d’ARN. En lui-même, un virus n’est pas un problème, mais les protéines que le virus fabrique peuvent provoquer de gros dégâts en se fixant à des cellules saines et en les agressant. Steve Skiena et ses collègues de l’Université Stony Brook conçoivent des virus synthétiques dans l’espoir de réaliser de meilleurs vaccins pour combattre les virus. Cela peut faire froid dans le dos, mais Skiena nous garantit que le bénéfice d’avoir une nouvelle arme pour combattre les maladies l’emporte sur les possibles dérives que seraient un acte de bioterrorisme ou une perte de contrôle du virus.
Pour comprendre les concepts bio-informatiques qu’utilise Skiena, il faut avoir quelques connaissances en biologie. Les protéines sont la force motrice générale des êtres biologiques et la matrice de support des os et de la peau. Elles sont fabriquées par un processus de traduction en deux étapes dans lequel (1) une chaîne d’ADN est copiée (« transcrite ») en ARN, et (2) l’ARN est « traduit » en une protéine. Le mot « traduction » est approprié car une petite machine biologique spéciale, appelée ribosome, assemble une protéine en lisant trois lettres d’ARN et en allant chercher l’acide aminé correspondant. Puis le ribosome se déplace pour lire les trois lettres suivantes d’ARN et attache l’acide aminé suivant au précédent…