1 Il existe plusieurs conceptions de la systématique ; comme les concepts relèvent, on l’a vu, de la philosophie, chacune de ces conceptions est discutable à volonté, le chercheur choisissant en fin de compte celle qui lui convient le mieux.

2 Depuis que la biologie s’est affirmée en tant que science indépendante, en particulier de la médecine, le concept de systématique a évolué d’une discipline restreinte à l’art de classer les espèces qui forment le monde vivant, jusqu’à une discipline fort étendue couvrant pratiquement tout le champ de la biologie comparée.

3 Avant d’évoquer cette évolution, il faut tout d’abord s’entendre sur le terme même de systématique, auquel s’oppose parfois celui de taxonomie (ou taxinomie). Le terme de taxonomie a été créé par De Candolle [1], qui le définit comme étant « la théorie des classifications ». Dans cet esprit, Simpson [2] nomme taxonomie « l’étude théorique des bases, principes, règles et lois de la classification ». Cependant, Mayr [3] la définit comme « la théorie et la pratique de la classification ».

4 Deux notions s’opposent donc, l’une réservant le terme de taxonomie à la théorie des classifications et celui de systématique à son application, l’autre confondant les deux sous le même terme de taxonomie. C’est la première position qui a été adaptée par le dictionnaire Le Robert : Taxonomie : « Science des lois de la classification des formes vivantes. » Systématique : « Science des classifications des formes vivantes. »

5 À l’heure actuelle, et malgré la logique d’une telle distinction, la tendance en France est à adapter le concept de Mayr, c’est-à-dire à considérer comme une même discipline théorie et pratique de la classification, mais en utilisant le vocable de systématique au lieu de celui, apparemment démodé [4], de taxonomie. C’est ce que nous ferons, non pour des raisons de principe, mais pour suivre l’usage actuel tel qu’il se traduit dans les titres d’ouvrages ou de revues, la dénomination de laboratoires ou de programmes, etc. Nous traiterons donc le terme de taxonomie (ou taxinomie) comme un synonyme de celui de systématique.

1] De la métaphysique à l’étude scientifique

6 Pour Linné et les naturalistes créationnistes du XVIII^e et du XIX^e siècle, la systématique se donnait pour but de mettre de l’ordre dans la diversité des organismes, « de retrouver le plan de Dieu dans les merveilles de Sa création ».

7 Cette attitude plus métaphysique que scientifique n’en a pas moins conduit au cours des deux derniers siècles à l’élaboration des grandes lignes d’une classification des êtres vivants si stable et si prédictive que la théorie de l’évolution s’en est volontiers accommodée.

8 Les anciens naturalistes étaient en effet d’excellents observateurs, dotés pour la plupart d’un sens aigu des affinités. Certains, même, ne pouvant pas ignorer les séries évolutives conduisant d’un genre ou d’une famille à l’autre, se sont vus contraints pour les expliquer de concevoir la notion de dégénérescence, les séries partant d’un type supérieur créé par la Divinité pour aller vers un type inférieur dégradé. De même peut-on citer ici les « échelles des êtres » ascendantes publiées à cette époque.

9 D’autres, comme Cuvier, considéraient que Dieu avait amélioré successivement Sa création par une série de phases terminées par des « révolutions » détruisant Ses essais, la dernière ayant laissé des traces dans la mémoire humaine sous le nom de « Déluge universel » (d’où la notion encore courante dans le public « d’animaux antédiluviens »).

10 La plupart des théologiens modernes de tradition biblique ont maintenant abandonné cette philosophie (un « retour aux sources » se manifeste parfois, cependant, notamment aux États-Unis). Pour ces théologiens, en effet, les « sortes » d’animaux et de plantes de la Bible correspondraient aux genres, ou même aux familles actuelles et les espèces, quant à elles, auraient pu évoluer depuis la création [5].

11 Il n’en demeure pas moins qu’un certain nombre de chercheurs, même à l’heure actuelle, désirent confiner la systématique à un rôle purement descriptif, la classification devant être essentiellement pratique et permettre un placement rapide et sûr des échantillons (« pigeon-holing »). Pour eux, l’explication des parentés, c’est-à-dire des regroupements, puis l’étude des processus évolutifs à l’origine de ces parentés, ne font pas partie de la systématique, ou en demeurent une annexe facultative.

12 Cette attitude « neutraliste » est parfaitement légitime, mais nous préférons ne la considérer que comme la première étape de la recherche systématique, indispensable à tout programme plus poussé. Pour beaucoup de systématiciens, en effet, la discipline qu’ils pratiquent doit aller au-delà et traduire au mieux la diversité des êtres vivants. Avec Simpson [6], notamment, nous lui donnerons pour but l’étude scientifique des différents organismes, de leur diversité et de leurs relations mutuelles.

2] La systématique : science de la diversité

13 On s’accorde généralement à reconnaître que la biologie se divise en deux grands domaines, la biologie générale et la biologie comparée.

14 La biologie générale, encore appelée biologie fonctionnelle, est la science de l’uniformité, c’est-à-dire qu’elle recherche les structures et les processus qui sont communs à tous les êtres vivants : elle se concentre sur les universaux. Pour elle, la diversité des organismes est un bruit de fond qu’il faut éliminer pour découvrir les grandes théories unificatrices. Des disciplines comme la physiologie, la biochimie, la biologie moléculaire, la génétique, etc., relèvent de la biologie générale.

15 L’expérience montre que peu de propriétés se révèlent communes à tous les êtres vivants, si bien que les résultats des recherches de biologie générale fournissent de très nombreuses données, non seulement sur l’uniformité de la vie, mais aussi sur sa diversité, sur les ressemblances et les différences entre les organismes. Ces résultats s’ajoutent à ceux obtenus par les « biologistes comparatifs », auxquels il incombe de tenter de comprendre cette accumulation de données [7].

16 La deuxième branche de la biologie, la biologie comparée, se donne donc pour but l’étude de la diversité. Pour certains, biologie comparée et systématique sont donc une seule et même chose. C’est notamment l’opinion de Mayr, Nelson et autres :

18 Ces définitions contiennent les idées de diversité et de relations : il s’y ajoute en conséquence celle de classification. En définitive, pour tous ces biologistes, la systématique, science de la diversité, doit donc se préoccuper à la fois des formes et des relations entre les organismes, et les traduire par des classifications.

19 La systématique ne considère pas les êtres vivants comme une mosaïque d’espèces juxtaposées, ni au contraire comme des « sacs à gènes », des « usines à enzymes » fondamentalement identiques, mais bien comme un réseau, une tapisserie phylogénétique tissée par l’évolution et donc dotée d’une dimension historique. Elle s’intéresse à la fois aux structures et aux processus entrant en jeu dans l’histoire de groupes déterminés d’animaux et de plantes.

20

Nous proposons ici de la définir de la façon suivante :
La systématique est l’étude et la description de la diversité des êtres vivants, la recherche de la nature et des causes de leurs différences et de leurs ressemblances, la mise en évidence des relations de parenté existant entre eux et l’élaboration d’une classification traduisant ces relations de parenté.
Cette définition un peu longue nous donne un véritable programme de recherches dont chaque étape représente une partie de la systématique.
Encore aujourd’hui, la classification revêt la forme d’une hiérarchie ainsi que l’avait conçue Linné. Selon celui-ci, la définition binominale de l’espèce, nécessairement rattachée à un genre, exprime en elle-même une hiérarchie.
L’espèce étant la catégorie fondamentale dans cette hiérarchie de la classification, il convient maintenant de se préoccuper du concept d’espèce, ou plus exactement des concepts de l’espèce, sans oublier que le champ d’application des programmes dépasse l’espèce et couvre aussi bien tous les taxons de rang supérieur.