1 Né à Paris en 1927, Claude Dupuis nous a quittés le 8 avril 2020, victime de la COVID-19. Docteur ès-sciences, chevalier de la Légion d’honneur, membre du Comité français des sciences biologiques, du Comité des travaux historiques et scientifiques, de la Commission internationale de nomenclature zoologique, professeur du Muséum national d’Histoire naturelle, sans oublier président d’honneur de la Société française de systématique : telle pourrait être, sèchement, une présentation académique qui ne dirait rien de ce qui justifie ce Biosystema.

2 Entomologiste avant tout, mais aussi parasitologiste et helminthologiste, Claude Dupuis était surtout systématicien ou, selon le terme qu’il préférait, taxinomiste. En 2022, le grand public a vu s’afficher à la une des médias le mot « taxonomie » : il s’agit là du sens que lui a conféré la Commission européenne, autrement dit : « les critères harmonisés pour déterminer si une activité économique est durable d’un point de vue environnemental ». Cette taxonomie européenne n’a donc rien à voir avec la théorie des classifications biologiques, sens donné en 1813 par l’inventeur du mot, le botaniste Augustin-Pyrame de Candolle sous l’orthographe « taxonomie » (de taxis ordre, nomos, règle, loi) corrigée en « taxinomie » par Émile Littré.

3 Claude Dupuis est arrivé au Muséum en 1946 comme préparateur du Laboratoire d’helminthologie et parasitologie comparée. Chercheur du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) de 1950 à 1961, il devient sous-directeur au Muséum cette année-là. Il soutint sa thèse de doctorat ès sciences naturelles en 1963 (« Essai monographique sur les Phasiinae (Diptères, Tachinaires parasites d’Hétéroptères) », Mémoires du Muséum national d’Histoire naturelle, A, Zoologie 26 : 1-461). Il fut élu professeur sans chaire au Muséum en 1977. L’été, afin de peaufiner ses manuscrits, il aimait à se retirer dans son « laboratoire de campagne », la station de parasitologie créée par Émile Brumpt en 1932, dans les anciennes dépendances du château de Richelieu (Indre-et-Loire), alors propriété du rectorat de l’académie de Paris.

4 Ce volume comporte six articles, publiés de 1979 à 2000, que nous estimons fondamentaux pour qui veut comprendre les fondements de la science des classifications et ses liens avec l’évolution biologique. Trois de ces articles ont été initialement publiés dans les Cahiers des naturalistes, le bulletin de l’Association des naturalistes parisiens, dont il était l’éditeur depuis 1946. À l’abri de toute contrainte éditoriale et comptable, Claude Dupuis pouvait ainsi écrire ce qu’il voulait comme il le voulait. Malgré la modestie des Cahiers des naturalistes en termes de diffusion, son étude intitulée « La “systématique phylogénétique” de W. Hennig (historique, discussion, choix de références) » connut un retentissement international considérable, quoiqu’écrite en français. Cette dernière précision est importante à nos yeux. Dupuis était un remarquable polyglotte, maîtrisant aussi bien l’allemand que l’anglais (ainsi que plusieurs langues mortes). Cependant il s’attachait à écrire le plus souvent possible en français afin d’exprimer au mieux toutes les nuances d’une pensée complexe et éviter toute maladresse et tout malentendu, autant dans la transmission que dans la réception des idées. Militant de la culture scientifique française et donc de la langue française, en pleine époque d’anglais triomphant, Claude Dupuis s’octroyait une liberté d’expression que les jeunes chercheurs d’aujourd’hui peuvent à juste titre lui envier.

5 Comme il l’écrit en 1986 :

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Si l’on distingue aujourd’hui une « biologie évolutive » et une « taxinomie », ce ne peut être que par commodité, selon le point de départ dominant. L’on ne voit guère d’« evolutionary biology » sans présupposés taxinomiques (à commencer par celui de l’espèce) ni de taxinomie sans références biologiques (que ce soit la ressemblance, l’adaptation, l’affinité, la généalogie…). Une distinction qui se voudrait fondamentale serait stérile ; pour le naturaliste de bonne foi, la biologie et la taxinomie ne sont que deux regards qui convergent sur une seule réalité.

7 Cette réalité est donc déclinée ici en six textes. Le premier est une relecture taxinomique de L’Origine des espèces de Darwin, le deuxième est l’analyse de systématique phylogénétique de Willi Hennig et de son impact au fil des décennies. Le troisième est une réflexion sur la notion de base de la systématique, l’homologie. Le quatrième pourrait être qualifié d’analyse comparative des concepts de « catégorie » et de « taxon » souvent confondus. Le cinquième s’intéresse plus particulièrement à l’approche dite cladistique, ses liens et ses différences relativement à la systématique phylogénétique de Hennig, le « père fondateur ». Le dernier article est, une fois encore une célébration de la langue française, mais surtout du métier d’entomologiste – et plus généralement de chercheur naturaliste – et de la liberté d’esprit nécessaire à qui veut pratiquer la recherche fondamentale.

8 Ces six articles sont ainsi réunis pour la première fois. Nous espérons que ce volume servira en quelque sorte de vade-mecum (mais un vade-mecum assez encyclopédique, il faut en convenir) pour qui veut s’aventurer sur les sentiers de la systématique, de la taxinomie et de l’évolution. Une partie non négligeable de ces articles est accordée à l’histoire des concepts. La résistance et, à l’inverse, l’assimilation des concepts pré-évolutionnistes face aux bouleversements dus à la théorie de l’évolution sont particulièrement analysés. Face à la filiation ou, si l’on préfère, à la phylogénie, la systématique s’est vue forcée de revoir ses concepts ; ses propres métamorphoses, subtiles ou radicales sont mises en avant tout au long de Taxinomie et évolution : permanence et actualité. Ce titre renvoie à la trilogie publiée dans les Cahiers des naturalistes (ici les articles 2, 4 et 5), que Dupuis avait surtitrée « Permanence et Actualité de la Systématique ». De fait, trente ans après la fin de la trilogie cette discussion n’est en rien devenue obsolète, même si Dupuis a peu commenté les approches moléculaires de la phylogénie et les méthodes probabilistes. Cependant, les données actuelles issues de la biologie moléculaire et de la génomique se sont toutes coulées dans le moule phylogénétique. Nous oserons ajouter que c’est même parfois au prix d’un certain oubli des fondamentaux. Toute une partie de la biologie non systématicienne d’aujourd’hui est familière de la phylogénie, souvent vue comme un simple outil pour atteindre ses objectifs, cependant sans mémoire des concepts initiaux et de leur histoire. Ces lacunes mènent parfois à une terminologie aberrante et pourtant circulante, comme « non monophyletic clade » (clade non monophylétique), « unrooted phylogeny » (phylogénie non enracinée), etc., qui sont des notions dépourvues de sens. Pire, il arrive couramment que des ensembles soient créés par-dessus des graphes connexes non cycliques et non orientés, c’est-à-dire des figures qualifiées d’« arbres phylogénétiques », mais sans racine ! C’est aussi la raison d’être de la réédition de ces textes de Claude Dupuis.

9 Avec ce Biosystema toute l’histoire, riche et complexe, s’offre au lecteur et lui réserve plus d’une surprise. Un seul exemple parmi bien d’autres : il y a une certaine jubilation à découvrir (article 5) que Dupuis, afin d’illustrer la distinction majeure entre ressemblance globale et ressemblance due à la filiation, éprouve la nécessité de remonter jusqu’au botaniste-jardinier Friedrich Kasimir Medicus (1736-1808) et à sa philosophie botanique publiée en temps de révolution française…

10 Tous ceux qui ont côtoyé Dupuis n’oublieront pas ses formules lapidaires qui ont de quoi faire frémir les chercheurs d’aujourd’hui, à l’exemple de « Quand on écrit plus de cinq articles par an on ne sait pas ce que l’on écrit », ses allures parfois théâtrales et son esprit critique constamment aiguisé. Le lecteur retrouvera dans ce volume tous ces aspects de sa personnalité. Faire lire et relire Claude Dupuis, telle est la mission de ce Biosystema. Évidemment, de l’œuvre de Dupuis, il y a bien plus à lire que ces six articles et, de surcroît, Dupuis laisse des archives propres à amorcer un nouveau travail d’histoire de la taxinomie. À ce titre, nous citerons notre collègue académicien et néanmoins ami Philippe Janvier :

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C’était pendant l’hiver 2019, lorsqu’il m’avait « convoqué » pour me parler de son souci lorsque la direction de son laboratoire lui avait enjoint de quitter son bureau. Il m’avait montré de façon pathétique son « trésor » : des centaines (milliers) de fiches cartonnées sur lesquelles il notait toutes les références bibliographiques qu’il avait consultées, ajoutant soigneusement ses propres remarques qui seront sans doute une mine pour les futurs systématiciens et historiens de la systématique. Il souhaitait que l’Académie des sciences intervienne pour faire retarder son éviction… mission impossible, d’autant plus qu’il continuait à fumer ses légendaires cigarettes mentholées au milieu des collections.

12 Le style de Claude Dupuis est exigeant, précis, parfois même affecté. Il manipule les italiques, y compris celles codifiées des noms scientifiques, de façon idiosyncrasique. Son usage des majuscules, des caractères gras, de divers signes typographiques est singulièrement inhabituel. À la demande de l’éditeur, la présente édition (2023) a pris le parti de procéder à toutes les modifications nécessaires – sauf exceptions – pour ainsi se conformer aux règles typographiques en usage à l’Imprimerie nationale. Dupuis s’est également (presque) toujours attaché à citer les auteurs dans leur langue et s’est refusé à les traduire. Nous avons partiellement respecté cette exigence en laissant les citations dans le texte et en renvoyant en note de bas de page les traductions, qu’elles soient déjà publiées (avec mention de l’origine de la traduction – notamment les traductions de Darwin) ou qu’elles soient dues aux coordinateurs du présent volume (Tdc). Lorsque la traduction est courte, un mot ou deux, elle est insérée dans la phrase même. Cela facilite parfois la lecture, d’autres fois – moins souvent, espérons-le – c’est le contraire. Les références bibliographiques obéissent à la présentation de la série Biosystema. Cependant, Claude Dupuis ajoutait souvent des commentaires à ses références, ce qu’aucune publication scientifique n’accepterait aujourd’hui. Bien entendu nous les avons maintenus ; ils ajoutent aux textes une dimension pédagogique précieuse. Même chez Dupuis on peut rencontrer des coquilles, des scories inaperçues de l’auteur. Cette fois, nous nous sommes permis de les corriger. Comme nous avons ajouté, rarement, des références sur des points cruciaux, publiés après la publication des articles qui forment la matière de ce volume, surtout lorsqu’il s’agit de répondre à des anticipations. Les notes de bas de page de l’auteur sont notées (Nda), les nôtres sont notées Ndc (« Note des coordinateurs »).

13 Nous ne remercions jamais assez les propriétaires des copyrights de nous avoir permis de reproduire les articles de Claude Dupuis : l’Institut Diderot et le regretté Dominique Lecourt pour le texte de « Darwin et les taxinomies d’aujourd’hui » (article 1) ; Geneviève Pedotti, présidente de l’Association des naturalistes parisiens, grâce à qui nous avons pu intégrer « La “systématique phylogénétique” de W. Hennig (historique, discussion, choix de références) » (article 2), « Le taxinomiste face aux catégories » (article 4) et « Regards épistémologiques sur la taxinomie cladiste » (article 5). La Société française de systématique s’est autorisée à reproduire « Homologie et caractères : quelques aspects biologiques » (article 3) déjà publié dans un précédent Biosystema. Antoine Mantilleri et la Société entomologique de France pour « La volonté d’être entomologiste… » (article 6), qui clôt ainsi le volume par un acte volontariste.

14 La recherche des photographies est due à Philippe Janvier et Thierry Deuve. Grâce à ce dernier nous avons eu accès aux clichés de Jean-Michel Maldès (Cirad, Montpellier) et de Geneviève Pedotti. Qu’ils soient vivement remerciés ici. Merci également à Véronique Barriel et, de nouveau, à Philippe Janvier pour leurs précieuses contributions et à Wolfgang Hennig pour sa bonne volonté.

Claude Dupuis en 2011 lors d’une excursion à Saumur de la Société des Naturalistes Parisiens (cliché G. Pedotti).

Description

Claude Dupuis en 2011 lors d’une excursion à Saumur de la Société des Naturalistes Parisiens (cliché G. Pedotti).

Claude Dupuis en 2009 dans sa bibliothèque au Muséum national d’Histoire naturelle (cliché J.-M. Maldès).

Description

Claude Dupuis en 2009 dans sa bibliothèque au Muséum national d’Histoire naturelle (cliché J.-M. Maldès).