Depuis Linné au xviii^e siècle, les plantes sont nommées par leur nom de genre et d’espèce, en respectant les règles strictes de la nomenclature internationale. Les plantes sont classées en phylum, classe, ordre et famille. Les premières classifications étaient basées sur des critères morphologiques descriptifs. Elles subsistent avec succès dans les clefs utilisées dans les flores usuelles. Mais beaucoup de biologistes préfèrent les classifications phylogénétiques qui permettent de rapprocher les plantes ayant des ancêtres communs. Pour les établir ils n’hésitent pas à utiliser, en plus des observations de la taxonomie expérimentale, les techniques de la biologie moléculaire, particulièrement la composition des ADN. Actuellement plusieurs classifications sont proposées, sans qu’aucune pourtant ne s’impose unanimement et incontestablement. Ce sont surtout les champignons, hétérotrophes car non chlorophylliens et les algues aux multiples pigments qui sont l’objet de discussions.