En dépit des améliorations de l’état des cours d’eau apportées ces dernières années et de la mise en place de réseaux de surveillance, de nombreux cours d’eau, des lacs, des nappes souterraines sont encore pollués, en particulier à cause des activités humaines et de la modification du milieu physique. Les différents contaminants qui arrivent dans les eaux de surface et souterraines à partir des effluents des stations d’épuration, des effluents des aires d’élevage, des rejets industriels et hospitaliers, des lixiviats, des décharges, des eaux de pluie, menacent l’équilibre naturel des écosystèmes et la santé humaine. La pollution de l’eau peut être chronique ou accidentelle, localisée ou diffuse. Selon sa nature on distingue généralement :
la pollution bactériologique (micro-organismes, agents pathogènes) ;
la pollution organique ;
la pollution chimique (métaux, nitrates et phosphates, hydrocarbures, substances organiques de synthèse, détersifs, pesticides, PCB…) ;
la pollution physique : matières en suspension, pollution radioactive, pollution acide, pollution thermique.
Les substances toxiques présentes dans le milieu et les rejets sont soit dissoutes dans l’eau, soit adsorbées sur les matières en suspension ou dans les sédiments ou encore accumulées dans les tissus des organismes vivants. Le temps de transfert des polluants à la surface des nappes souterraines peut être très long. Il dépend des matériaux traversés et de la vitesse d’écoulement des eaux…