En acceptant cette mission dans le Midi, Pasteur ne s’aperçut pas qu’il s’était aventuré sur un terrain où il n’avait pas l’habitude d’aller : « celui où la science côtoie la politique. » Là où Dumas naviguait avec brio et autorité depuis fort longtemps, Pasteur se sentait gauche et mal à l’aise. Il laissait à d’autres le soin d’envisager les moyens pour redresser une économie moribonde, se contentant d’agir dans son domaine le plus familier, celui du laboratoire et de l’expérimentation. La ruine qui menaçait l’activité de nombreuses petites villes, et plus encore de petits villages, dans une vaste région du midi de la France ne pouvait être réglée « vitement » que par les dirigeants du moment, Napoléon III en tête. Croyant honorer un savant qui avait rendu un si grand service à son pays, quelques années plus tard, l’empereur l’inscrivit, sans lui en toucher un mot, sur la liste des futurs sénateurs qu’il proposerait à l’élection des notables. Louis Pasteur ne savait rien de la vie politique ; de plus, il ne s’en préoccupait pas.
Un jour, à Jules Simon qui lui offrit, bien avant l’empereur, une candidature de sénateur dans son parti du centre gauche dissident, il demanda vingt-quatre heures de réflexion. Ce délai était destiné à s’enquérir de l’avis de son conseil de famille ; la décision fut nette :
« Rien ne doit détourner Pasteur de son unique objectif [à l’époque il s’agissait pour lui et son équipe de gagner la bataille contre la rage]. »
Le lendemain, devant la grande porte du haut de la rue de Tournon, comme il avait remercié l’empereur, il remercia Jules Simon d’avoir pensé à lui, et refusa « simplement et poliment », en lui pressant la main …