Les techniques de séquençage de nouvelle génération
Enjeux éthiques en pratique clinique
- Par Perrine Malzac
Pages 6 à 17
Citer cet article
- MALZAC, Perrine,
- Malzac, Perrine.
- Malzac, P.
https://doi.org/10.3917/lae.163.0006
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- Malzac, P.
- Malzac, Perrine.
- MALZAC, Perrine,
https://doi.org/10.3917/lae.163.0006
Notes
-
[1]
Matthijs G, Souche E, Alders M, Corveleyn A, Eck S, Bauer P et al. “Guidelines for diagnostic next-generation sequencing”, European Journal of Human Genetics, 2016 ; 24 : 2-5.
-
[2]
CCNE Réflexion éthique sur l’évolution des tests génétiques liée au séquençage de l’ADN humain à très haut débit, Avis n°124, 21 janvier 2016. http://www.ccne-ethique.fr/sites/default/files/publications/ccne_avis_124.pdf
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[3]
Cf Héron D « Tests génétiques et médecine prédictive : quels enjeux ? », Laennec, 2009 ; 3 : 21-38.
-
[4]
Malzac P « Enjeux éthiques, juridiques et psychologiques en génétique médicale », in : Génétique médicale. Enseignement thématique, sous la direction du Collège National des Enseignants et Praticiens de Génétique Médicale, Elsevier Masson, 2016 ; chapitre 19.
-
[5]
Cf. Ferté C « La décision médicale en oncologie : évolutions récentes », Laennec, 2015 ; 2 : 8-19.
-
[6]
Hollands G, French DP, Griffin SJ, Prevost AT, Sutton S, Marteau TM “The impact of communicating genetic risks of disease on riskreducing health behaviour : systematic review with metaanalysis”, BMJ, 2016 ; 352 : i1102. Accepted : 14 February 2016. http://dx.doi.org/10.1136/bmj.i1102
-
[7]
CCNE Questions éthiques associées au développement des tests génétiques foetaux sur sang maternel, Avis n°120, 25 avril 2013. http://www.ccne-ethique.fr/sites/default/files/publications/avis-120.pdf
-
[8]
Comité international de bioéthique Rapport du CIB sur la mise à jour de sa réflexion sur le génome humain et les droits de l’homme, UNESCO, 2 octobre 2015. http://unesdoc.unesco.org/images/0023/002332/233258f.pdf
1Les conditions techniques pour l’exploration globale des génomes individuels sont aujourd’hui réunies, grâce à l’augmentation phénoménale de la rapidité de ce type d’analyse et à la diminution tout aussi phénoménale de ses coûts. Les avancées technologiques permettent d’espérer de rapides progrès en termes de connaissances sur le génome et de compréhension des déterminants génétiques à l’origine des maladies. Au-delà de l’enthousiasme qu’elles suscitent, les nouvelles conditions d’exercice de la génétique médicale ouvrent un champ de questionnements inédits sur leurs conséquences individuelles et collectives. Leurs enjeux éthiques considérables obligent tout un chacun – professionnels et usagers du système de santé, politiques, industriels, médias et chaque citoyen – à s’interroger, tant au sujet des usages de ces nouveaux outils qu’à celui des discours véhiculés à leur propos.
2Les techniques d’exploration globale du génome en pratique clinique incluent l’utilisation de l’analyse chromosomique sur puce à ADN (ACPA) et les next-generation sequencing (NGS). Nous focaliserons notre propos sur ces derniers, d’usage plus récent, qui permettent d’explorer simultanément, ou bien des panels de plusieurs dizaines de gènes, ou bien l’exome – c’est-à-dire l’ensemble de toutes les séquences codantes de tous les gènes – ou encore le génome dans son ensemble.
3Après avoir mis en évidence toute la complexité de l’information à donner et du consentement à recueillir s’agissant de tests génétiques, nous examinerons les multiples difficultés que soulèverait, au regard de l’éthique, un usage insuffisamment pensé des techniques de NGS.
Comment agir dans le respect des personnes ? La question du consentement
4L’une des préoccupations les plus régulièrement abordées par la communauté des généticiens, mais aussi dans la littérature internationale, concerne les procédures d’information et de recueil du consentement (voir encadré ci-dessus). Comment les adapter au mieux aux potentialités nouvelles qu’offrent les NGS ?
Examen des caractéristiques de la personne : encadrement juridique en vigueur, en France
Selon cette loi, un test génétique ne peut être effectué que dans l’intérêt premier de la personne à laquelle il s’adresse. Cependant, les caractéristiques génétiques d’un individu pouvant être partagées avec ses proches, l’accent est également mis sur la prise en considération de l’intérêt des membres de la famille (la parentèle).
Une information détaillée doit être délivrée avant la réalisation de tout test génétique. Elle précède le recueil du consentement libre et éclairé de la personne concernée. Cette information doit aussi viser la préservation du droit de ne pas savoir, chacun étant libre à tout moment de ne pas réaliser un test ou de ne pas prendre connaissance des résultats obtenus. En la matière, les personnes incapables de consentir – à savoir les mineurs ou les majeurs sous tutelle – sont plus particulièrement protégées. Le consentement de leurs représentants légaux est nécessaire, mais leur propre approbation devra être recherchée chaque fois que possible. De plus, des examens génétiques ne peuvent leur être prescrits que si elles-mêmes ou des membres de leur famille sont susceptibles de bénéficier de mesures préventives ou curatives.
L’utilité clinique du test, pour le sujet ou pour sa famille, est un critère majeur de prescription. La réalisation d’un test doit être suivie, chaque fois que nécessaire, d’une prise en charge adaptée, personnalisée et d’une démarche de conseil génétique.
Enfin la loi organise le respect de la confidentialité et de la vie privée au regard de tiers, comme les assureurs ou les employeurs, et ce afin de prévenir tout risque de discrimination ou de stigmatisation.
(1) Cf. Malzac P « Dispositions législatives entourant la pratique des tests génétiques », in : Génétique médicale. Enseignement thématique, sous la dir. du Collège National des Enseignants et Praticiens de Génétique Médicale, Elsevier Masson, 2016.
Comment recueillir un consentement éclairé dans un contexte incertain ?
5Par rapport aux études génétiques ciblées (sur un ou quelques gènes candidats), les NGS permettent l’exploration simultanée d’un très grand nombre de gènes, voire même de l’ensemble des séquences codantes ou du génome tout entier ; il est donc quasi inévitable que, parfois, ces analyses aboutissent à la révélation de résultats inattendus, incertains ou ininterprétables. La masse de données brutes ainsi produites dans un premier temps devra secondairement être traitée informatiquement selon un processus complexe. La traduction de ces données, tout d’abord sous la forme de résultats biologiques puis en termes d’informations cliniques compréhensibles et utiles pour les patients, requiert des compétences multiples [1].
6Autrement dit, avec les NGS, on sait ce que l’on cherche – une lésion causale pour aider au diagnostic d’une affection supposée génétique – mais on ne sait pas toujours ce que l’on va trouver. Si leur utilisation améliore clairement l’efficacité diagnostique, permettant à de nombreux sujets de sortir de l’errance et de bénéficier, parfois, d’un traitement mieux adapté, il n’en reste pas moins que certains resteront sans diagnostic, ou avec des résultats de signification inconnue, voire avec des prédictions non sollicitées à propos d’autres risques génétiques révélés à cette occasion.
7La question se pose donc de ce que peut être une information claire, loyale, appropriée et compréhensible en condition d’incertitude – incertitude sur la nature de ce que l’on pourrait trouver, incertitude sur sa valeur clinique et sa signification pour le patient et sa famille, incertitude du fait de l’incomplétude de nos connaissances. Penser recueillir un consentement réellement éclairé, « en toute connaissance de cause », n’est-il pas illusoire en pareil contexte ?
Adapter le concept d’information à la complexité des situations
8Il paraît donc urgent d’élaborer un concept d’« information à caractère complexe ». L’information est complexe tout d’abord parce qu’elle est empreinte d’incertitude. Citons à ce propos l’avis n°124 du CCNE : « Le premier niveau est irréductible ; il est dû à la variabilité naturelle des phénomènes aléatoires. Le second, plutôt non-savoir qu’incertitude stricto sensu, est dû à un manque de connaissances qui peut être réduit en faisant davantage d’efforts (recueil de données, recherches, consultation d’experts, essais accélérés, etc.) » [2]. L’information est complexe aussi parce que les conséquences prévisibles des résultats obtenus peuvent être graves pour les personnes, aussi bien sur les plans psychique ou émotionnel qu’existentiel. En effet, tout test par NGS contient des potentialités prédictives à prendre en considération avec une grande prudence, afin de permettre au patient de réfléchir, en amont, aux répercussions possibles de sa démarche sur sa propre vie, sur celle de ses proches, de sa parentèle ou de sa descendance [3].
En amont des tests
9Pour ce qui concerne l’information en amont de la réalisation des tests, on trouve dans la littérature plusieurs types de propositions avec deux grandes tendances : celle de l’exhaustivité et celle de la sincérité. Une première option vise donc à transmettre l’information avec un souci d’exhaustivité – en essayant de décliner tous les possibles – afin de recueillir un consentement, ou bien « élargi », c’est-à-dire global, ou bien « fragmenté », c’est-à-dire s’appliquant ou non à chacune des possibilités selon le libre choix de la personne. Une option alternative consisterait à transmettre les informations davantage dans un souci de sincérité, en laissant de la place pour le doute et l’incertitude, avec des modèles de consentement orientés sur la non-opposition, la confiance et un engagement mutuel garanti, en quelque sorte, par la reconnaissance d’une compétence « éthique » des praticiens, sous couvert d’agrément ou d’autorisation. Ce n’est certes pas la voie qui semble privilégiée. Pourtant, n’est-il pas nécessaire de réhabiliter les valeurs de « compétence » mais aussi de « responsabilité pour autrui », comme socle d’une relation de soin équilibrée face aux incertitudes de l’innovation ?
Dans le rendu des résultats
10Le devoir d’information concerne aussi la procédure de rendu des résultats. Que faire d’un résultat de découverte incidente, non attendu par le patient ? Que dire à propos de la caractérisation d’un variant génétique de signification inconnue ? Parmi le flot d’informations disponibles et eu égard à leur évolutivité, comment être certain de celles que l’on délivre ? Sont-elles réellement actualisées ? Faut-il d’ailleurs envisager de les réactualiser pour les confirmer, les infirmer ou les compléter a posteriori ? Qui, dans l’intervalle, devra gérer le poids de l’incertitude ainsi générée : le biologiste, le clinicien ou le patient ? À bien observer nos pratiques, il est à craindre que, sous couvert du devoir d’information, ce ne soit vers le patient et sa famille que convergent tous les doutes, source d’angoisse et d’indécision.
Des NGS, pourquoi et pour quoi faire ? Questions éthiques pour aujourd’hui et pour demain
11Une approche éthique des NGS ne peut se contenter de réfléchir au « comment les utiliser au mieux » en pratique médicale ; elle doit aussi aborder la question du « pourquoi, pour quoi faire » ? Tout ce qui est faisable doit-il nécessairement être fait ? Comment prendre en compte d’éventuels effets collatéraux indésirables pour l’individu et pour la société ?
12Aujourd’hui, l’usage des NGS se déploie à grande vitesse dans le domaine de la recherche comme dans celui du diagnostic. Dans le monde de la génétique, les discours concernant ces progrès technologiques sont en général enthousiastes. Cet engouement, relayé par les médias, permet d’ores et déjà de prévoir, à court ou moyen terme, l’extension inéluctable de leur usage aux démarches de prévention – dépistage néonatal, diagnostic prénatal, préimplantatoire voire préconceptionnel – ainsi qu’au développement d’une médecine personnalisée. Ces discours masquent pourtant un certain nombre de difficultés sur lesquelles il semble utile de se pencher [4].
Du diagnostic à la recherche, et vice versa
13L’usage des NGS met à jour la confusion des genres qui règne, dans le domaine de la génétique, entre activité de recherche et pratique diagnostique. Les NGS permettent d’obtenir un nombre considérable de données qui devront être filtrées pour identifier la cause précise – la mutation – à l’origine de la maladie génétique étudiée. L’efficacité de la recherche s’en trouve augmentée par rapport aux résultats des approches ciblées, pour le plus grand bénéfice des patients.
14Mais une fois les résultats directement utiles pour le patient analysés, que faire des données supplémentaires obtenues de facto et non exploitées ? Pourquoi ne pas en faire bénéficier la communauté scientifique pour favoriser l’acquisition de nouvelles connaissances, avec l’accord du patient, bien sûr ? Se pose alors la question de la conservation et des modalités d’échange de ces données de santé, précieuses et confidentielles, mais aussi sensibles. Une tension éthique apparaît entre un besoin de transparence, pour en tirer le plus grand avantage possible au service de la société, et un souci de confidentialité, pour garantir le respect et la sauvegarde des individus. Est-on en mesure de rendre ces données anonymes pour préserver leur confidentialité, sans se priver d’informations indispensables à la recherche ?
15Il n’est pas si facile d’assigner un objectif clairement circonscrit aux tests réalisés, tant il y a de « bonnes raisons » d’exploiter la manne que représentent les génomes « individuels », matière première pleine de promesses pour espérer comprendre les mystères de la molécule d’ADN.
Prédiction et prévention
16Une autre difficulté que révèlent les NGS concerne la médecine prédictive. Celle-ci cherche à découvrir, parfois longtemps à l’avance, quelles maladies atteindront un sujet. La volonté de déchiffrer l’avenir est l’une des plus vieilles tentations humaines : elle s’exprimait en des temps anciens à travers l’étude des ciels étoilés, l’observation du vol des oiseaux ou l’examen des entrailles d’animaux. Ce désir de savoir existe indépendamment du fait que l’on puisse, ou non, agir pour contrer la prédiction et ses conséquences. Avec la découverte de la molécule d’ADN et les possibilités actuelles d’explorer celle-ci, les pratiques prédictives prennent une forme nouvelle, plus scientifique et plus efficace.
17Dans la démarche curative, le médecin est sollicité par un sujet souffrant qui requiert des soins. En situation de prédiction, le médecin s’adresse à des personnes a priori saines qui ne formulent pas de plainte et qui même, parfois, ne demandent rien. Le pari est que, fortes de ces prédictions, elles pourront améliorer leur destinée. Le risque est pourtant bien de les transformer en malades chroniques avant l’heure. Sommes-nous si sûrs que l’on trouvera plus de bénéfices que d’inconvénients dans l’acquisition de telles connaissances ? Peut-on, sans danger, appliquer des données obtenues selon des modèles probabilistes à des individus peu enclins à comprendre la notion de risque relatif ? Et lorsqu’il s’agit de prédire une maladie prédéterminée, dont l’apparition à plus ou moins long terme est inévitable, comment laisser une marge pour l’incertitude, c’est-à-dire pour l’espoir ? Enfin, comment ne pas prendre en considération, comme une incitation à la prudence face à de trop hâtives conclusions, les nouvelles connaissances sur ces interactions génome/environnement qui viennent moduler l’expression des gènes et que l’on appelle « épigénétique » ?
18La médecine prédictive instaure une tension existentielle qui mélange plusieurs émotions contradictoires : tentation de savoir, espoir d’échapper au mal, volonté de le combattre, peur de se sentir prisonnier du destin, désespoir face à sa propre finitude… Comment préserver l’autonomie des patients, soumis sans le savoir aux pressions de la médecine, de la société ou des industriels ? Mais aussi, comment préserver la liberté de choix et l’égalité d’accès à ces technologies sur l’ensemble du territoire, lorsqu’elles sont nécessaires à des démarches de prévention ou de soin efficaces ?
Vers une médecine personnalisée
19La médecine personnalisée, plus volontiers appelée médecine de précision, vise le développement de traitements sur mesure. Dans le domaine du cancer, les approches thérapeutiques adaptées aux caractéristiques génétiques des malades sont en plein essor, permettant d’améliorer l’efficacité des médicaments ou d’en diminuer la toxicité [5].
20Plus largement, la médecine personnalisée imagine que chacun, informé de ses fragilités constitutionnelles et environnementales, pourrait organiser sa vie en sujet conscient et responsable. Cependant, un tel postulat néglige le fait que les comportements humains ne sont pas toujours logiques et rationnels. Il suffit d’observer les résistances et les phénomènes d’évitement rencontrés par toute campagne de prévention pour supposer que, face à des risques prévisibles, les comportements dits « raisonnables » ne seront pas forcément la règle [6].
21Nous ne pouvons donc qu’interroger ce modèle construit sur une double incertitude. Sera-t-on un jour capable de calculer avec précision, et pour chacun d’entre nous, des risques individuels pour les maladies communes ? Les personnes à risque changeront-elles leurs comportements en conséquence, de façon raisonnée et sur le long terme ?
Contrôler les naissances et les enfants à naître
22Quant à l’application prévisible des NGS au diagnostic prénatal et au diagnostic préimplantatoire, sinon au stade préconceptionnel, elle réactive et amplifie toutes les questions éthiques dont ces pratiques ont fait l’objet depuis leur avènement. Peut-on juger des qualités d’une personne à partir de ses caractéristiques génétiques ? Y a-t-il des critères indiscutables pour déterminer qu’une affection est grave et incurable ? Faut-il réserver ces approches aux situations à risque ou les étendre à l’ensemble de la population ? Éviter la naissance du plus grand nombre possible de personnes malades ou handicapées, cela peut-il constituer un projet de société justifiant le déploiement de tous les moyens disponibles, tant technologiques que financiers ? Quels sont les risques de dérives eugéniques ?
23Le Comité Consultatif National d’Éthique aborde ces questions dans deux de ses avis les plus récents, l’avis n°120 intitulé « Questions éthiques associées au développement des tests génétiques foetaux sur sang maternel » [7], et l’avis n°124 précédemment cité.
Les tests génétiques en accès direct sur Internet
24La mise à disposition de tests génétiques en accès direct sur Internet – Direct-to-Consumer Genetic Testing (DTC) – est une pratique interdite en France mais qui semble séduire certains consommateurs. Actuellement, la plupart des sites proposant de réaliser des tests en accès direct le font sans réelle finalité médicale : il peut s’agir de tests de recherche en paternité ou, parfois, de diagnostic du sexe foetal in utero, ou encore de tests à dimension « récréative », à visée généalogique. D’autres tests, cependant, sont vendus dans le cadre d’une démarche de médecine personnalisée. Ils s’appuient sur le prétexte qu’une meilleure connaissance des risques génétiques individuels peut permettre à chacun, en citoyen responsable et soucieux de sa santé, d’adopter les comportements adéquats. Plus récemment, l’offre s’est étendue à la réalisation d’une exploration globale du génome pour toute personne qui le souhaite, qu’elle souffre ou non d’une maladie génétique. Parfois, ces sites vont jusqu’à inviter leurs clients à entrer dans une « communauté » en partageant avec d’autres les données génétiques ainsi acquises [8].
25L’usage de ces tests en libre accès présente, à l’aune des principes en vigueur dans notre pays et à l’échelle européenne, d’évidents risques de dérive. Ces tests sont-ils réalisés au bénéfice premier de la personne ou dans l’intérêt économique du site qui les commercialise ? La notion de conseil génétique est-elle abordée ? Il est par ailleurs permis de douter de l’existence, dans le cadre de ces pratiques, d’un droit à l’information, au consentement, à ne pas savoir. Et qu’en est-il de la qualité des services offerts ? Le recours à une consultation médicale individuelle préalable au test n’est pas obligatoire et, fréquemment, le compte rendu d’analyse n’est accompagné d’aucun commentaire détaillé ni d’aucun échange avec un praticien. Enfin, à l’issu des tests, le suivi médical individualisé est bien souvent inexistant.
26S’agissant de la protection des personnes, et notamment des personnes incapables de consentir, l’hypothèse de tests effectués à leur insu ne peut être exclue. De fait, l’un des aspects les plus inquiétants de telles pratiques concerne la confidentialité et le respect de la vie privée, compte tenu des risques de discrimination et de stigmatisation en jeu. Personne ne sait actuellement ce qu’il advient des résultats obtenus, ni des échantillons récoltés.
Soigner dans un monde technologique
27La technique est ambiguë parce qu’elle est une expression de la liberté qui engendre de nouvelles formes de servitude. Cette ambiguïté se retrouve dans l’histoire de la médecine moderne : si le progrès des techniques médicales a permis de faire reculer les fléaux et d’augmenter l’espérance de vie des populations, la technicisation croissante des pratiques a contribué à déshumaniser l’acte de soin. Dans le même ordre d’idées, si les valeurs de liberté et de dignité des personnes soignées sont aujourd’hui mieux prises en compte, la sacralisation du principe d’autonomie est allée de pair avec l’émergence d’une culture individualiste qui a relativisé les valeurs de l’entraide et de la fraternité.
28Devant ce développement très rapide des sciences et des techniques, certains considèrent que nous sommes en présence d’un processus échappant à notre contrôle. Mais le danger d’une technicisation progressive des activités humaines ne réside pas dans l’accumulation d’objets techniques dont chacun a les défauts de ses avantages. Le vrai péril dont la technique est porteuse se situe ailleurs : dans le regard que façonne les technologies. C’est la fascination aveugle et le formatage des esprits qui constituent les menaces les plus redoutables.
29La technique n’est plus uniquement un ensemble d’outils, elle est aussi un processus. Ce concept de « processus » implique deux composantes. La première est celle de l’irréversibilité : chaque innovation en appelle une autre qui la rendra désuète à son tour, et chacun est tenu – bon gré mal gré – de s’adapter à ces nouveautés sous peine d’être socialement marginalisé ou taxé d’archaïsme. La seconde composante du « processus » est celle de la perte de tout contrôle politique sur le dispositif technoscientifique : nous sentons confusément que nous ne sommes plus en mesure d’éviter la réalisation de tout ce qui est techniquement faisable.
30Le vrai danger de la technique, c’est donc que nos esprits se mettent à leur tour à fonctionner comme des machines. Ce qui se développe insidieusement dans l’univers technologique, c’est le sentiment que le monde est calculable, manipulable, ouvert à la commande et à la programmation. Le monde, mais aussi les hommes. Ce qui fait question, c’est notre rapport au monde et à l’autre envisagé comme un concentré de paramètres technoscientifiques stockés sur disques durs et fichiers informatiques, et mobilisables à volonté.
Conclusion
31Notre propos ne vise en aucun cas à condamner d’avance l’usage des NGS, au nom d’un principe de précaution mal compris : la réflexion éthique n’a pas pour objectif de nous empêcher d’agir. Bien au contraire, elle a pour vertu essentielle de nous permettre d’agir en conscience de la complexité des enjeux et de l’impérative nécessité du respect des personnes et de leur dignité.
32Pour autant, il est important que ce champ technologique ne reste pas confiné dans le monde médical et scientifique, mais qu’il puisse faire l’objet d’un véritable travail de mise en pensée. S’il est donc nécessaire que les professionnels prennent le temps de s’entendre sur les nouvelles façons de faire induites par ces techniques, il est tout aussi indispensable que puissent se construire – sur de tels enjeux – des modèles de décision partagée et participative au sein de la société, qui incluent experts, décideurs politiques et citoyens.
Mots-clés éditeurs : diagnostic prénatal, génétique, médecine prédictive
Date de mise en ligne : 12/07/2016
https://doi.org/10.3917/lae.163.0006