Comme on l’a vu au chapitre XV, on est loin d’un accord sur la façon dont les futures cellules hôtes et les futurs endosymbiontes pourraient s’être engagés dans leur relation initiale. Ce qui a suivi, par contre, est assez bien compris, du moins dans ses grandes lignes, grâce à certains traits communs aux deux cas d’endosymbiose historiquement établis. Qu’il s’agisse des mitochondries ou des chloroplastes, essentiellement les deux mêmes types d’événements sont intervenus dans l’adoption des organites.
Dans les deux cas, les endosymbiontes ont perdu la majeure partie de leurs gènes, dont certains ont été transférés au noyau de la cellule hôte et intégrés dans le génome de cette dernière d’une manière qui permettait leur réplication et leur transcription par les mécanismes locaux. Détail intéressant, il arrive que de tels gènes ou leurs vestiges demeurent dans le noyau alors que les organites eux-mêmes sont perdus ou dégénérés. Ce sont de telles données qui révélèrent que les ancêtres d’eucaryotes dépourvus de mitochondries ont contenu jadis de tels organites. On a vu que cette découverte a été brandie contre l’hypothèse du phagocyte primitif.
Le second phénomène est la translocation dans l’endosymbionte de protéines produites sous le contrôle de gènes qui ont été transférés de celui-ci au noyau de la cellule hôte. De telles protéines sont synthétisées, comme le sont les protéines de la cellule hôte, par des ribosomes cytosoliques instruits par des messages ARN transcrits dans le noyau…