54. Le « sushi factor »

Les bactéries possèdent un arsenal enzymatique diversifié, très variable selon les espèces. On s’intéresse ici aux enzymes porphyranases aptes à digérer le polyoside porphyrane.Les algues marines possèdent dans leurs parois squelettiques des polyosides originaux, absents des plantes terrestres : par exemple l’agarose et le porphyrane, dont les motifs diosidiques répétés sont présentés dans la colonne A du document 54.1.
Après avoir découvert une enzyme agarase capable de dégrader l’agarose chez certaines bactéries marines, on recherche dans le génome des bactéries planctoniques des gènes homologues à celui codant l’agarase.
Parmi ces gènes homologues on s’intéresse, chez la bactérie marine Zobellia Zg1017, au gène PorA codant l’enzyme PorA et, chez la bactérie Zobellia Zg2600, au gène PorB codant l’enzyme PorB.
On caractérise ensuite la spécificité de PorA et PorB, en proposant un mélange variable de polyosides (agarose et porphyrane : voir colonne B, mélange qui modélise la composition de la paroi de certaines algues, puis en mesurant la quantité de galactose libéré (résultat colonne C du document 54.1).On cherche par comparaison de séquence des équivalents de PorA dans le génome de bactéries symbiotes intestinales humaines : on travaille sur des échantillons de 20 personnes de plusieurs pays.
On identifie une souche bactérienne, nommée Bacteroides plebeus, possédant au moins un gène homologue à PorA. Cette souche bactérienne est présente dans le microbiote intestinal des Japonais, mais absente de l’intestin des autres populations étudiées…