Il suffit de jeter un coup d’œil aux programmes officiels de recherche pour les sciences de la vie, tant au niveau national qu’au niveau européen, pour constater à quel point tout est centré sur la génomique, ou la post-génomique. Il s’agit de travailler à partir des données considérables, accumulées et en cours d’accumulation, grâce aux techniques dites à haut débit d’étude du génome : séquences des gènes, mais aussi analyse des produits des gènes, ARN messagers et protéines. Une des manières d’ordonner cette immense quantité de données consiste à dresser des cartes des interactions entre gènes. Ces cartes, appelées réseaux de régulation, sont en fait des graphes d’interaction où chaque gène codant une protéine régulatrice (qui favorise ou qui empêche l’expression, c’est-à-dire le fonctionnement, d’un ou plusieurs autre [s] gène [s]), est relié à tous les gènes qu’il contrôle par des arcs orientés de signe positif ou négatif selon la nature de l’interaction. Les conditions extérieures qui contribuent à ces régulations peuvent également être notées. Ces cartes sont relativement faciles à obtenir chez les organismes unicellulaires, beaucoup plus compliquées chez les organismes multicellulaires, mais dans tous les cas elles sont considérées comme donnant la clef du fonctionnement du système, à la manière dont la description des pièces d’une machine et de leurs interactions permet de connaître le fonctionnement de celle-ci.
Cependant, et nul ne l’ignore, les interactions entre protéines et gènes sont de type sigmoïde, c’est-à-dire non linéaires, et ces réseaux sont donc des représentations graphiques de systèmes dynamiques non linéaires…