Biochimie

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Avant-propos

Remerciements

Présentation

Fiche 1. Organisation unitaire du monde vivant

Fiche 2. Propriétés de la matière vivante

Fiche 3. Caractéristiques du fonctionnement cellulaire

Fiche 4. Liaisons chimiques covalentes et non covalentes

Fiche 5. Groupements fonctionnels chimiques des biomolécules

Fiche 6. Types de mécanismes chimiques utilisés dans les réactions biochimiques

Fiche 7. Isomérie moléculaire

Fiche 8. Des biomolécules aux macromolécules

Fiche 9. Biochimie inorganique

Focus. Le vivant se caractérise aussi par des grandeurs physiques

QCM

Présentation

Fiche 10. Propriétés des glucides

Fiche 11. Le glucose et les monoholosides

Fiche 12. Les diholosides

Fiche 13. Les polyholosides

Fiche 14. Les dérivés d’oses

Fiche 15. Techniques d’analyse

Focus. Les édulcorants non glucidiques

QCM

Présentation

Fiche 16. Propriétés des lipides

Fiche 17. Les acides gras

Fiche 18. Les acylglycérols

Fiche 19. Les glycérophospholipides

Fiche 20. Les sphingolipides

Fiche 21. Le cholestérol

Fiche 22. Techniques d’étude des lipides

Focus. Les lipides dans les conditions extrêmes

QCM

Présentation

Fiche 23. Les acides aminés

Fiche 24. Structure des acides aminés

Fiche 25. Propriétés physico-chimiques des acides aminés

Fiche 26. Propriétés chimiques des acides aminés

Fiche 27. Propriétés ioniques des acides aminés

Fiche 28. Techniques de séparation des acides aminés

Focus. Rôle des acides aminés

QCM

Présentation

Fiche 29. Structure des bases et des nucléotides

Fiche 30. Propriétés chimiques des bases azotées

Fiche 31. Bases azotées inhabituelles

Fiche 32. Techniques d’analyse et propriétés spectrales des nucléotides

Focus. Le marquage isotopique

QCM

Présentation

Fiche 33. La structure primaire des protéines

Fiche 34. La structure secondaire des protéines

Fiche 35. La structure tertiaire des protéines

Fiche 36. La structure quaternaire des protéines

Fiche 37. Propriétés biologiques des protéines

Fiche 38. Méthodes de séparation des protéines : la Chromatographie

Fiche 39. Méthodes de séparation des protéines : électrophorèse

Fiche 40. Séquençage d’une protéine : méthodes chimiques

Fiche 41. Séquençage des acides aminés : méthodes enzymatiques et génétiques

Focus. La protéomique

QCM

Présentation

Fiche 42. Propriétés des enzymes

Fiche 43. Mesures des activités enzymatiques

Fiche 44. Le complexe enzyme-substrat

Fiche 45. La cinétique enzymatique

Fiche 46. Représentations graphiques de la cinétique enzymatique

Fiche 47. Effets de la température et du pH sur l’activité enzymatique

Fiche 48. L’inhibition enzymatique

Fiche 49. L’activation enzymatique

Fiche 50. Régulation allostérique : mise en évidence et mécanisme

Fiche 51. Régulation allostérique : théories et rôle dans l’homéostasie cellulaire

Fiche 52. La régulation par phosphorylation / déphosphorylation

Fiche 53. La régulation par activation protéolytique

Fiche 54. Coenzymes, cofacteurs et vitamines

Fiche 55. Cofacteurs d’oxydoréduction

Fiche 56. Coenzymes de transfert chimique ou d’activation

Fiche 57. Groupements prosthétiques à noyau porphyrine

Fiche 58. Classification des enzymes et nouvelles enzymes

Focus. Histoire des sciences : exemples puisés en enzymologie

QCM

Présentation

Fiche 59. La structure générale des acides nucléiques

Fiche 60. La structure spatiale de l’ADN

Fiche 61. Les propriétés physico-chimiques de l’ADN

Fiche 62. Les superstructures de l’ADN

Fiche 63. Structure de la chromatine eucaryote et du nucléoïde bactérien

Fiche 64. Structure de l’ADN mitochondrial et de l’ADN des chloroplastes

Fiche 65. Techniques de séquençage de l’ADN

Fiche 66. Structure du génome et génomique

Fiche 67. Les séquences répétées

Fiche 68. Gènes en copie unique et copies multiples

Fiche 69. Famille de gènes

Fiche 70. Structure et rôle des différents types d’ARN

Fiche 71. Les propriétés des ARN

Focus. Analyse bio-informatique des séquences

QCM

Présentation

Fiche 72. La réplication et le cycle cellulaire

Fiche 73. La réplication de l’ADN

Fiche 74. L’ADN polymérase III

Fiche 75. La biosynthèse de l’ADN chez les bactéries

Fiche 76. La PCR (Polymerase Chain Reaction) : amplification in vitro de l’ADN

Fiche 77. La réplication de l’ADN chez les eucaryotes

Fiche 78. Fidélité de la réplication, détection et correction des erreurs

Fiche 79. Réplication du génome ARN des rétrovirus

Focus. Flux de l’information génétique chez les Archées

QCM

Présentation

Fiche 80. La transcription chez les bactéries

Fiche 81. La transcriptase des bactéries et les sites promoteurs

Fiche 82. Les étapes de la transcription chez les bactéries

Fiche 83. Modifications chimiques des ARNr et ARNt chez les bactéries

Fiche 84. La transcription chez les eucaryotes

Fiche 85. Structure des promoteurs eucaryotes de classe 2

Fiche 86. Les facteurs de transcription

Fiche 87. Mode d’action de l’ARN polymérase II

Fiche 88. La maturation post-transcriptionnelle des pré ARNm

Fiche 89. L’épissage

Fiche 90. L’exportation des ARN

Focus. Transcriptomique et cancer

QCM

Présentation

Fiche 91. Élucidation et mise en œuvre du code génétique

Fiche 92. La traduction chez les bactéries

Fiche 93. Structure des ARN de transfert (ARNt). Reconnaissance du codon par l’anticodon ARNt

Fiche 94. Activation des acides aminés par les ARNt et les synthétases spécifiques

Fiche 95. Structure des ribosomes

Fiche 96. La traduction chez les eucaryotes

Fiche 97. La régulation traductionnelle

Fiche 98. Modifications post-traductionnelles

Focus. La traduction, cible de nombreux antibiotiques

QCM

Présentation

Fiche 99. Structure des opérons

Fiche 100. Contrôle de la transcription d’opérons

Fiche 101. Régulation des gènes du bactériophage λ

Fiche 102. Les protéines de régulation du type « protéines de liaison à l’ADN »

Focus. Régulation de la transcription des gènes chez les bactéries par les systèmes à deux composants

QCM

Présentation

Fiche 103. La régulation transcriptionnelle (1)

Fiche 104. La régulation transcriptionnelle (2)

Fiche 105. Les méthodes d’étude des promoteurs

Fiche 106. L’épissage alternatif

Fiche 107. Les promoteurs et les sites de polyadénylation alternatifs

Fiche 108. L’édition des ARN

Fiche 109. Stabilité des ARN messagers

Fiche 110. L’analyse de l’expression des gènes

Fiche 111. La régulation post-transcriptionnelle par les ARNmi

Focus. Nutriments et régulation génétique

QCM

Présentation

Fiche 112. Recombinaison homologue et recombinaison spécifique de site

Fiche 113. Conséquences et application de la recombinaison générale

Fiche 114. Réarrangement de gènes par transposition

Fiche 115. Conséquences et application de la transposition

Focus. L’analyse de liaison génétique

QCM

Présentation

Fiche 116. Génie génétique et biotechnologies

Fiche 117. Isolement et caractérisation des acides nucléiques

Fiche 118. Les enzymes du génie génétique

Fiche 119. Les vecteurs

Fiche 120. Transfert d’ADN étranger dans une cellule

Fiche 121. Stratégie de clonage et sélection

Fiche 122. Les banques d’ADN

Fiche 123. Production de protéines recombinantes

Fiche 124. Modification d’un gène et de son expression

Fiche 125. Modification du génome

Fiche 126. Techniques d’hybridation moléculaire

Focus. Recherche des partenaires du complexe de transcription

QCM

Présentation

Fiche 127. Bioénergétique : les fonctions d’état d’un système

Fiche 128. Bioénergétique : application à la biochimie métabolique

Fiche 129. La glycolyse : destinée du glucose

Fiche 130. La glycolyse : conversion du glucose en pyruvate

Fiche 131. Régénérations aérobies et anaérobies du NAD⁺ de la glycolyse

Fiche 132. La pyruvate déshydrogénase : oxydation du pyruvate en acétyl-CoA

Fiche 133. Les oxydations succédant à la synthèse d’acétyl-CoA : le cycle de Krebs

Fiche 134. Contrôle de la glycolyse : étapes régulées et nature des régulations

Fiche 135. Glycolyse dans le métabolisme des acides gras et des acides aminés

Fiche 136. La chaîne respiratoire mitochondriale et les oxydations phosphorylantes

Fiche 137. Les transporteurs membranaires du glucose

Fiche 138. Le métabolisme du glycogène

Fiche 139. La régulation du métabolisme du glycogène en période post-prandiale

Fiche 140. La régulation du métabolisme du glycogène à distance des repas

Fiche 141. La voie des pentoses phosphates

Fiche 142. La néoglucogenèse

Fiche 143. Le cycle du glyoxylate

Fiche 144. Phase lumineuse de la photosynthèse : les photosystèmes

Fiche 145. Fonctionnements cyclique et non cyclique de la photosynthèse

Fiche 146. Le cycle de Calvin-Benson

Fiche 147. La photorespiration

Focus. Rôle du foie dans le soutien énergétique de tissus extrahépatiques

QCM

Présentation

Fiche 148. Hélice de Lynen et β-oxydation des acides gras saturés

Fiche 149. β-oxydation : acides gras à nombre impair de carbone, à chaîne moyenne et courte

Fiche 150. β-oxydation : acides gras ramifiés, insaturés

Fiche 151. β-oxydation des acides gras mono- et poly-insaturés

Fiche 152. Utilisation de l’acétyl-CoA hépatique et métabolisme des corps cétoniques

Fiche 153. Synthèse du palmitate. Origine des coenzymes et acides gras synthase

Fiche 154. Destinée du palmitate néo-synthétisé

Fiche 155. Synthèse des triglycérides et des phospholipides : étapes communes

Fiche 156. Synthèse des esters glycérophospholipides

Fiche 157. Synthèse des éthers glycérophospholipides

Fiche 158. Glycérophospholipides particuliers : rôle des mitochondries et chloroplastes

Fiche 159. Synthèse du cholestérol : origine des carbones (acétyl-CoA)

Fiche 160. Synthèse du cholestérol : l’HMG réductase et sa régulation

Fiche 161. Synthèse du cholestérol à partir du squalène

Focus. Implication du transport et du métabolisme du cholestérol dans l’athérogenèse

QCM

Présentation

Fiche 162. Désaminations et transaminations

Fiche 163. Le cycle de l’urée

Fiche 164. Synthèse des bases puriques et pyrimidiques

Fiche 165. Dégradation des bases puriques et pyrimidiques

Focus. Interrelations et régulation des grandes voies métaboliques

QCM

Présentation

Fiche 166. Propriétés générales des biomembranes

Fiche 167. Structure des biomembranes

Fiche 168. Les lipides membranaires

Fiche 169. Orientation des phospholipides en solution aqueuse

Fiche 170. Fluidité membranaire

Fiche 171. Radeaux lipidiques

Fiche 172. Fusion membranaire

Fiche 173. Création et maintien de l’asymétrie lipidique et membranaire

Fiche 174. Propriétés des protéines membranaires intégrales

Fiche 175. Structure et reconstitution fonctionnelle des protéines membranaires intégrales

Fiche 176. Protéines membranaires acylées et protéines associées (extrinsèques)

Fiche 177. Translocation des protéines à travers la membrane plasmique bactérienne

Fiche 178. Trafic intracellulaire des protéines

Fiche 179. Adressage des protéines dans les organites semi-autonomes

Fiche 180. Import et export des protéines et des acides nucléiques à travers les pores nucléaires

Fiche 181. Transport membranaire des solutés : aspects théoriques et énergétiques

Fiche 182. Le transport membranaire par diffusion

Fiche 183. Transport actif primaire

Fiche 184. Transport actif secondaire

Fiche 185. Mécanismes moléculaires et reconstitution du transport membranaire

Focus. Introduction à la signalisation transmembranaire

QCM

Présentation

Fiche 186. Cycle de division des cellules normales et des cellules transformées

Fiche 187. Marqueurs biochimiques de la cancérogenèse

Fiche 188. Agents de blocage de la prolifération des cellules cancéreuses

Fiche 189. Mort cellulaire par apoptose

Fiche 190. Agents promoteurs de l’apoptose

Fiche 191. Oncogènes et anti-oncogènes

Focus. MicroARN pro-oncogéniques et MicroARN suppresseurs de tumeurs

QCM

Présentation

Fiche 192. La métabolomique

Fiche 193. La lipidomique

Fiche 194. La fluxomique

Fiche 195. L’analyse bio-informatique des structures

Fiche 196. La régulation épigénétique de l’expression génique eucaryote

Fiche 197. Les ARN non codants régulateurs

Fiche 198. La biologie synthétique

Fiche 199. La biologie structurale des protéines

Fiche 200. La modélisation moléculaire

Fiche 201. Les maladies génétiques métaboliques

Fiche 202. L’exobiologie

Fiche 203. Les statistiques, outils indispensables en biochimie expérimentale

Focus. Un Prix Nobel de génie

QCM

Exercices de synthèse

Corrigés des exercices de synthèse

Perspectives

Références bibliographiques

Index

Principaux sigles

Tableau périodique des éléments